Мой почтовый клиент настроен таким образом, что входящие письма помещаются не в папку "входящие", а автоматически сортируются по подпапкам папки "входящие". В этом случае обработка "Получение почты" эти письма не видит.
Ответ:
Так устроен объект "Почта" в платформе 1С:Предприятие 8.0, т.к. он основан на технологии Simple Mapi, а данная технология позволяет получать письма, находящиеся только в папке Входящие.